高真空系统对于质谱仪来说至关重要，如果达不到高真空度，仪器将无法正常运作。
TQMS采用两级抽气结构，前级为机械泵，后级为分子涡轮泵。工作时先由前级泵将真空腔内的压强降低几个数量级，再由后级泵降至工作所需压强。
日常维护时要对机械泵的滤网与泵油进行定期观察与更换，泵的油面宜在2／3处，泵长期运行时每周需拧开灰色振气旋钮(5—6圈)进行30rain振气，使油内的杂物排出，然后再拧紧该旋钮。
如果用APCI，每天工作结束后应按上述方法对机械泵实施振气。泵油的更换通常是连续使用3000h更换一次，但如果发现油的颜色变深或液面下降至1／2以下，需及时更换。
质谱的机械泵专用Ultragrade19或InlandQ45(Edwards45)油，更换时可先加入少许抽真空20min，然后卸真空再彻底倒净后新加入至最大刻度或附近。另外，控制室温在15—28℃对真空泵也十分重要，温度过高会造成泵油的外溢。
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