CE技术的研究和应用，给药物分析领域和药品检验工作带来了生机与活力，无疑将对该专业技术的发展及提高起着重要的推动和促进作用。尤其以对基因工程药物、中成药复方制剂的分析和中药材种属的鉴定，令人瞩目。但任何事物都有两面性，它也有弱点和不足，如有的药物用CE分析精确度还不够高；有的灵敏度很高，但专属性界定尺度又不易掌握；CE仪器昂贵，很难普遍推广等等，都需要不断研究解决。尤其以如何巧妙地与其它方法和技术（如HPLC、MS等）联合使用，以收到更好的效果，是今后CE技术研究、完善的方向和课题。可喜的是，这方面的工作已开始启动，CE一HPLC、CE一MS联用己取得高效率、高质量的分析成果。经过科学工作者的不懈努力，一个药物分析领域的新技术快速发展时期即将到来。
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