电脑系统一般安装有较强大的软件包: 包括( 1) 菌种资料库。( 2) 流行病学/院内感染统计软件: 可以提供多种流行病学统计报告。( 3) 药品管理软件: 其中的条件抗生素报告可以提供敏感结果，便于控制广谱抗生素的使用， 指导合理用药， 减少耐药菌株的产生。并对药敏实验结果提供标准解释， 指导临床正确进行抗感染治疗( 4) 专家系统软件可以帮助解释和检测实验结果。( 5) 中文报告系统软件。软件还带有数据统计程序， 能进行各种统计学分析； 可以编辑不同的统计目的、范围、时间、菌种及药物等流行病学报告。
微生物鉴定和药敏分析仪器的应用为快速、正确的细菌学报告创造了物质基础, 使得细菌检验水平获得了一个飞跃，是当代临床检验进步的标志之一。
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