诊断生殖器白色念珠菌病除典型的症状、体征外，实验室检查是必不可少的。一般作分泌物的直接镜检就可以明确诊断，有条件的也可作白色念珠菌的培养，能更明确诊断。直接镜检是非常简单的实验室方法。取少许分泌物置于玻璃片上，加一滴氢氧化钾或等渗的氯化钠溶液，覆盖上玻片，置于显微镜下，可见到白色念珠菌的孢子和菌丝。用这种方法诊断的准确率为70%.
生殖器白色念珠菌病常易与生殖器毛滴虫病相混淆。它们共有的症状为生殖器瘙痒，分泌物和白带增多，但是前者生殖器分泌物为乳酪状或豆渣状，后者生殖器分泌物为灰黄色，有腥臭味。直接镜检化验有助于二者的鉴别诊断。
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