第二代慢病毒载体系统是在第一代基础的改进，在包装质粒中删去了HIV的所有附属基因。这些附属基因的去除并不影响病毒的滴度和转染能力，同时增加了载体的安全性。第三代慢病毒载体系统又增加了两个安全特性：一是构建了自身失活的慢病毒载体，即删除了U3区的3’ LTR，使载体失去HIV-1增强子及启动子序列，即使存在所有的病毒蛋白也不能转录出RNA；二是去除了tat基因，代之以异源启动子序列，这样原始的HIV基因组中的9个基因在慢病毒载体中只保留了3个（ gag、pol和rev） 。因此第三代慢病毒载体系统更加安全。
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