电离源产生的不同离子之间能够互相反应，使得电离的结果更加丰富而复杂。比如在EI的作用下能够产生大量的离子，内能较大的离子在与中性分子（如He）碰撞时能够自发裂解产生更多的碎片离子。这种离子-分子反应一般很难进行完全，往往在得到许多碎片离子的同时还保留着部分母体离子，不过，通过增加离子内能（如调节碰撞时间，EI能量和中性粒子数量等），可以促使这种离子-分子的反应进行完全；反之，如果降低离子内能，则可能得到稳定的该离子而不是该离子的碎片。相对 EI 而言，CI，DI 和 SI 都是软电离源。借助激光和基体辅助，DI甚至能够对沉积在某个表面的难挥发、热不稳定的固体化合物进行瞬间离子化，得到比较完整的分子离子。SI的出现解决了生物大分子的进样问题，给质谱法在生命科学领域的应用，尤其是大分子生命活性物质如蛋白质、DNA 等的测定提供了非常便捷有效的手段，其作用也因其创立者获得 2002 年的诺贝尔化学奖而分外受到世人瞩目。考察电离源的性能，一般需要用到的参数有信号强度、背景信号强度、电离效率、内能控制能力。
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