第一步
鱼类的排泄物和未吃过的食物将会转变为氨（俗称阿摩尼亚）；那是因为在这些东西里需要氧的细菌会令蛋白质分裂。而氨是有毒的。
第二步
生存于氧气中的硝化细菌，能把氨会转变为亚硝酸盐（NO2-）；亚硝酸盐虽然仅有较小的毒性，但仍对鱼类有致命的毒害。
第三步
亚硝酸盐及后又被第二种硝化细菌转变为硝酸盐（NO3-）；而这硝酸盐几乎是无毒的，但突然或长期暴露在高浓度的硝酸盐里是有害的。但幸运地，硝酸盐的浓度是可以靠更换鱼缸的水来降低。
第四步
硝酸盐等会被不依附氧气而生存的细菌（厌氧性细菌）变为氮气而挥发，这就是一个完整的「氮化合物循环」。
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