磁珠法核酸提取，具有传统DNA提取方法无法比拟的优势，主要体现在：
①能够实现自动化、大批量操作，目前已有96孔的核酸自动提取仪，用一个样品的提取时间即可实现对96个样品的处理，符合生物学高通量的操作要求，使得传染性疾病爆发时能够进行快速及时的应对，这一特点使得传统方法望尘莫及；
②操作简单、用时短，整个提取流程只有四步，大多可以在36-40分钟内完成；
③安全无毒，不使用传统方法中的苯、氯仿等有毒试剂，对实验操作人员的伤害减少到最少，完全符合现代环保理念；
④磁珠与核酸的特异性结合使得提取的核酸纯度高、浓度大。
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