兼性厌氧菌（facultative anaerobe）又称兼嫌气性微生物，兼嫌气菌、兼性好氧菌。在有氧或无氧环境中均能生长繁殖的微生物。可在有氧（O2）或缺氧条件下，可通过不同的氧化方式获得能量，兼有有氧呼吸和无氧发酵两种功能。如酵母菌在有氧环境中进行有氧呼吸，在缺氧条件下发酵葡萄糖生成酒精和二氧化碳。
不论在有氧或无氧环境中都能生长，但以有氧时生长较好，无氧时仅维持生存。故在研究兼性厌氧菌时，可根据所需选择通氧量以获得相应结果。兼性厌氧菌在有氧的环境下进行有氧呼吸大量繁殖，在无氧的环境下进行无氧呼吸一般不繁殖，所以若提高兼性厌氧菌的生长量应通入适量的氧气。对人和动物致病的大多数病原菌属于此，许多肠道细菌，如大肠杆菌等也属此类。
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