柜内物品移动应按低污染向高污染移动原则，柜内实验操作应按从清洁区到污染区的方向进行。操作前可用消毒剂浸湿的毛巾垫底，以便吸收可能溅出的液滴。
尽量避免将离心机、振荡器等仪器安置在安全柜内，以免仪器震动时滤膜上的颗粒物质抖落，导致柜内洁净度下降；同时这些仪器散热排风口气流可能影响柜内的气流平衡。安全柜内不能使用明火，防止燃烧过程中产生的高温细小颗粒杂质带入滤膜而损伤滤膜。
为了避免物品间的交叉污染，整个工作过程中所需要的物品应在工作开始前一字排开放置在安全柜中，以便在工作完成前没有任何物品需要经过空气流隔层拿出或放入，特别注意：前排和后排的回风格栅上不能放置物品，以防止堵塞回风格栅，影响气流循环。
生物安全柜的安装
1、生物安全柜在运输过程中不得侧置、冲击、碰撞，且不能受雨雪的直接侵袭及日光暴晒。
2、生物安全柜的工作环境为10~30℃ ,相对湿度为<75%。
3、设备应安装在不能移动的水平面上。
4、设备必须安装在靠近固定电源插座处，在没有连接外排系统的情况下，其顶部距离房间顶部障碍物至少200mm距离，后面与墙面间隔至少300mm距离，以利于外排气流畅通和安全柜的维护。
5、为了防止气流干扰，要求不得将设备安装在人员往来的通道中，并且不得使生物安全柜滑动前窗操作口正对实验室的门窗或靠门窗太近，应远离人员活动，物品流动及可能会扰乱气流的地方。
6、在高海拔地区使用，安装后必须重新校正风速。
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