双脱氧核苷酸末端终止法也称 Sanger法，是常用的方法进行核算序列分析。其原理是利用四种2’,3‘双脱氧核苷三磷酸（ddNP）代替部分脱氧核苷三磷酸（dNP）作底物参与DNA的合成。
ddNTP与普通dNP的不同之处在于其脱氧核糖的3′位置缺少一个羟基。 ddNTP可以在DNA聚合酶作用下通过其5′三磷酸基团掺入到正在合成的DNA链中，但由于没有3’′羟基，它们不能同后续的dNTP形成磷酸二酯键。因此，只要双脱氧碱基掺入链端，该链就停止延长。
反应结束时每管反应体系中便合成以共同引物为5′端，以双脱氧碱基为3'端的一系列长度不等的核酸片段。经聚丙烯酰胺凝胶电泳分离这些长短不一的核酸片段（长度相邻者仅差一个碱基），根据片段3’端的双脱氧碱基，便可依次阅读合成片段的碱基排列顺序。
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