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在原核生物中，起始密码子的选择取决于核糖体的小亚基与mRNA模板之间的相互作用。30S亚基与处于紧靠正确起始密码子上游的富含嘌呤的mRNA模板结合，这个区称为SD序列（Shine—Dalgarno sequence），它与16S rRNA 3'端的一个富含嘧啶区互补。
在起始复合物形成过程中，这些互补的核苷酸配对形成可使mRNA与核糖体结合的双链RNA结构，结果将起始密码子定位在核糖体的P位。
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