是指细胞质内有一定形状和位置的颗粒状或区域功能单位，可由膜包围或延展形成，也可能是由蛋白质聚集而成。如质体（plastid）、液泡、线粒体、内质网、高尔基体、溶酶体、微管、微丝等。其中质体、液泡与细胞壁是植物细胞区别于动物细胞的三大特有细胞结构。
（1）质体：由双层膜构成的规则或不规则形状的颗粒结构，体积比细胞核小，由蛋白质、类脂等组成。质体按含色素类型、结构、功能等可分为三类：叶绿体（chloroplast）、有色体（chromoplast）和白色体（leucoplast）。
①叶绿体：是绿色植物进行光合作用的场所，内部结构精细，所含的色素有叶绿素甲（chlorophyll A）、叶绿素乙（chlorophyll B）、胡萝卜素（carotin）和叶黄素（xanthophyll）等脂溶性色素，其中以叶绿素为多，所以呈现绿色。高等植物的叶绿体多为球形、卵形或透镜形的绿色颗粒状，低等植物中，叶绿体的形状、数目和大小随不同植物和不同细胞而不同。
②有色体：在细胞中常呈针形、圆形、杆形或不规则形状，内部结构简单，所含色素有胡萝卜素和叶黄素等，使植物呈现黄色、橙色或橙红色，主要存在于花、果实和根中。有色体对植物的生理作用还不十分清楚，一般认为有三方面，一是其所含的胡萝卜素在光合作用中是一种催化剂；二是有色体存在于花部，使花呈现鲜艳色彩，有利于昆虫传粉；三是某些部位积累有色体有解毒或储藏作用。
③白色体：是最小的一类质体，通常呈圆形、椭圆形或其他形状的无色小颗粒状，内部结构无分化，不含色素，主要功能为储藏，根据合成和储藏物质不同还可以分为三类，即合成淀粉的造粉体、合成蛋白质的蛋白质体和合成脂肪和脂肪油的造油体。多见于不曝光的器官如块根或块茎等细胞中。
叶绿体、有色体和白色体在一定的条件下可以相互转化。如番茄的子房是白色的，因为其子房壁细胞内含白色体，受精后的子房发育成幼果，暴露于光线中时形成叶绿素，白色体转化成叶绿体，使幼果变绿，果实成熟时，叶绿体又转化成了有色体，果实即变成红色。胡萝卜根露出地面的部分经日光照射而变成绿色，也是有色体转化为叶绿体的缘故。
（2）液泡：由单层膜围成的泡状结构，膜内充满细胞液（cell sap），是细胞新陈代谢过程产生的混合液，属于无生命的非原生质体部分。不同细胞的细胞液组分不同，主要成分除水分外，还有各种代谢物如糖类（saccharides）、盐类（salts）、有机酸（organic acids）、生物碱（alkaloids）、挥发油（volatile oil）、鞣质（tannin）、苷类（glucosides）、树脂（resin）、色素（pigments）、草酸钙结晶等，其中不少化学成分具有生理活性，也是植物类药材的有效成分。幼嫩细胞中，液泡的体积小，数量多，分散分布。成熟细胞，尤其是薄壁细胞中液泡会合并成一个或几个大型液泡，占据整个细胞体积的90%以上，而细胞质、细胞器和细胞核则被中央液泡推挤到细胞的边缘贴近细胞壁。
液泡的主要功能是调节细胞的渗透压、积极参与细胞内的分解、物质积累与移动等活动，在稳定细胞内环境上起着重要作用。
（3）其他细胞器：
线粒体（mitochondria）是细胞质内呈颗粒状、棒状、丝状或分支状的细胞器，比质体小，在光学显微镜下经特殊染色可以观察到。线粒体是细胞中碳水化合物、脂肪和蛋白质等物质进行氧化、呼吸作用的场所，并为细胞生命活动提供所需能量，因此线粒体被称为细胞的“动力工厂”。
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