ITS被广泛用于分类学和分子系统学 （molecular phylogeny），由于：
1）大量的拷贝，使得它容易扩增。
2）即使在相近的种群中也有着高度的变异。因为作为非功能片段，其有着很低的进化压力。
例如：ITS被证明在辨明同属的物种的关系中扮演重要的作用，在菊科植物的关系和临床上重要的酵母类之间关系的阐明上有着重要作用。(Baldwin, 1992; Baldwin et al., 1995; Kim et al., 1996) as well as clinically important yeast species.）
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