mRNA是翻译的模板。在原核生物和真核生物细胞内，mRNA的化学基础有所差异。
原核生物mRNA
在原核细胞内，参与翻译的mRNA具有以下特点：
（1）具有多个开放阅读框（ORF），即多顺反子，意味着同一条mRNA可以编码多个蛋白。特别注意可读框之间不重叠（除移码翻译涉及终止密码子和起始密码子的2个碱基重叠）。
（2）具有较为保守的核糖体结合位点（RBS）GGAGG，位置大概在起始密码子上游的3~9个碱基。
（3）自身可通过RBS招募小亚基核糖体RNA（16S·rRNA）。
（4）存在移码编译。在一些情况下，第一个ORF的终止密码子UGA和第二个ORF的AUG重叠，形成一个序列AUGA。当核糖体遇到UGA终止翻译后可以随即重启，向后移动-1位至起始密码子AUG，开始第二个ORF的翻译。如此的生物学意义是当且仅当第一个ORF成功翻译后，才会开启第二个ORF的翻译。 [2]
真核生物mRNA
相比原核细胞mRNA，真核细胞内参与翻译的mRNA具有以下不同：
（1）总是单ORF的（即每条链只能编码一个蛋白），即单顺反子。
（2）没有核糖体结合位点（仅有部分含有较为保守的Kozak序列：G/A——AUGG，其功能尚不完全明确）。
（3）核糖体的招募需要5'端的特殊结构（5'端加帽），加帽的反应过程可以简要表示如下：
PPP-→PP-+Pi
PP-+GMP→G-PPP-
总式：PPP-+GMP→G-PPP-+Pi
（4）起始因子结合5'端帽子结构（详见翻译的起始）以招募核糖体。
（5）核糖体从5'端开始扫描，直到遇到AUG开始翻译（以往认为大多是遇到第一个AUG即开始翻译，后续观点认为这种情况并不常见，具体机制尚不完全明确）。
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