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内含肽序列加上C端外显肽的第一个氨基酸残基包含了蛋白剪接的全部信息，甚至可以介导非“原配”的外源蛋白质的剪接。内含肽与上游和下游的外显肽序列之间几乎没有同源性，所以，如果外源目的蛋白替换天然外显肽，内含肽仍然可以保持剪接活性。但是利用好这一特点对蛋白质人工剪接需要考虑一些影响因素：外源蛋白及剪接位点附近氨基酸残基的变化、表达宿主的不同以及反应条件(温度、pH、诱导试剂)的不同。合理地利用这些影响因素可以有效地进行剪接控制。
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