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丙酮酸脱羧酶以二聚体的二聚体形式存在，每个二聚体的单体之间共有两个活性位点。该酶含有β-α-β结构，产生平行的β-折叠。它在每个二聚体中包含563个残基亚基；该酶具有很强的单体间吸引力，但二聚体松散地相互作用形成松散的四聚体。
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