哺乳动物的动粒可分为三个不同的区域: 即内层、中间层和外层, 直径约为200nm。
中间层(middle layer)染色浅, 它将内层和外层隔开，中间层有一些纤维，它起着联系内外两层结构的桥梁作用； 内层(inner layer)是染色质的特化层, 它附着在着丝粒的异染色质上； 外层(outer layer)含有与微管正端结合的蛋白质。
动粒和着丝粒并非同一结构，它们的功能也不同，但这两种结构的位置关系是固定的。在非正规场合中，有时也用动粒或着丝粒泛指它们所在的染色体主缢痕位置。
动粒包括两个区域：一个内动粒，该区域用于与DNA着丝粒紧密连接；一个外动粒，用于和微管发生作用。单着丝粒生物（包括脊椎动物、霉菌和众多植物）在每个染色体中有一个单独的动粒区，联合起来组成一个动粒。全着丝粒生物（包括线虫和蛔虫等）顺着染色体的延伸方向组装动粒。
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