失活
蛋白激酶A的下调通过反馈机制发生，并涉及多种水解cAMP的磷酸二酯酶（PDE），它们属于PKA激活的底物。磷酸二酯酶快速转化cAMP为AMP，从而减少可激活蛋白激酶A的cAMP的量。PKA也受一系列复杂的磷酸化事件调节，其可包括自身磷酸化修饰和被调节激酶如PDK1的磷酸化。〔此外，催化亚基本身也可以被磷酸化来下调。
定位
PKA的调节亚基二聚体对其细胞内定位是重要的。二聚体的二聚和对接（dimerization and docking, D/D）结构域与A激酶锚蛋白（AKAP）的A-激酶结合（A-kinase binding, AKB）结构域结合。AKAP将PKA定位于细胞内的不同位置（例如，质膜、线粒体等）。
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