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转移酶是以“(供体)(受体)(官能团)转移酶”的格式来命名。但是,亦有一些其他格式而普遍的名称:“(受体)(官能团)转移酶”或“(供体)(官能团)转移酶”,例如DNA甲基转移酶就是一种能催化甲基转移至脱氧核糖核酸(DNA)受体的转移酶。