前面述及软骨可聚蛋白聚糖能以HA分子为主干形成典型的蛋白聚糖聚集体（proteoglycan aggregate）。每一可聚蛋白聚糖分子（平均Mr~250万）含KS链（Mr1万~1.5万）约50条，CS链（Mr2万~3万）约100条以及若干条O-连接寡糖链，它们分布在核心蛋白（Mr20万~30万）的不同区域，整个分子形如一个“试管刷”。在HA（Mr~200万）主干上有规则的每间隔约40nm结合一个蛋白聚糖单体（即一个核心蛋白加结合的糖胺聚糖，称单体是相对于聚集体而言）。可聚蛋白聚糖对维持软骨的形态和功能具有重要意义。
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