人受乙脑病毒感染后，大多数为隐性感染及部分顿挫感染，仅少数发生脑炎（0.01%），这与病毒的毒力，侵入机体内数量及感染者的免疫力有关。流行区成人大多数都有一定免疫力，多为隐性感染，10岁以下儿童及非流行区成人缺乏免疫力，感染后容易发病。
本病病后4～5天可出现血凝抑制抗体，2～4周达高峰，可维持一年左右。补体给合抗体在发病2～3周后方可检出，约存在半年。中和抗体约在病后1周出现，于5年内维持高水平，甚至维持终生。流行区人群每年不断受到带病毒的蚊叮咬，逐渐增强免疫力，抗体阳性率常随年龄而增高，例如北京市20岁以上成年人90%血清中含有中和抗体。因此本病多见于10岁以下的儿童，但近些年来乙脑发病年龄有增高趋势，值得重视。
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