反射电子显微镜涉及检测从被检查的样品反射的弹性散射电子束。反射高能电子衍射 (RHEED) 和反射高能损失光谱 (RHELS) 技术通常用于此类显微镜。
由于电子显微镜的原理及用途也各不相同，所以应用领域也不同。
比如：TEM透射电镜广泛应用于科研实验室主要用于来研究细菌、组织切片和其他微生物。另外，SEM 还经常用于材料科学研究的测试和故障分析，检查高温下的超导体、合金强度和纳米管，最终影响电子产品对航空航天业的影响。
扫描电子显微镜还常用于法医调查。比如：通过 SEM 所提供的放大倍数，来分析证据类型的来源，从而得出与法律目的相关的调查结论。
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