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大多数限制性内切酶常常伴随有1~2种修饰酶，即DNA甲基化酶，它能保护细胞自身的DNA不被限制性内切酶破坏。
限制修饰系统（R-M系统）Ⅰ、Ⅱ、Ⅲ型中的甲基化酶可使细菌DNA分子中的胞嘧啶和腺嘌呤发生甲基化，形成5‘-甲基胞嘧啶和6‘-甲基腺嘌呤.
在DNA重组实验中，常用的甲基化酶属于Ⅱ型，它与相应的限制酶的识别顺序相同，但甲基化位点与限制酶作用位点不一定相同。
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