根据水解方式分类
根据不同葡萄糖苷酶对寡糖底物的水解方式，可将其分为外切（exo-）葡萄糖苷酶与内切（endo-）葡萄糖苷酶。外切葡萄糖苷酶是指从寡糖底物的一端（还原端或非还原端）进行水解的葡萄糖苷酶，而内切葡萄糖苷酶则是指从寡糖底物的中间部分开始水解的葡萄糖苷酶。
根据水解糖苷键的类型分类
由于葡萄糖苷键的成键方式分为α-型与β-型两种，因此，其所对应的葡萄糖苷酶分别被称为α-葡萄糖苷酶与β-葡萄糖苷酶。
根据CAZy的具体分类，α-葡萄糖苷酶主要分布于GH4、GH13、GH31、GH63、GH97以及GH122六个家族中；而β-葡萄糖苷酶主要分布于GH1、GH3、GH5、GH9、GH17、GH30、GH116等七个家族中。
根据水解前后葡萄糖分子的构型分类
根据比较水解前后，被水解掉的葡糖基中异头碳的构型是否发生改变，可将葡萄糖苷酶分为保留型葡萄糖苷酶与翻转型葡萄糖苷酶。前者在水解过程前后，葡糖基的异头碳构型不发生改变；而后者则会使底物异头碳的构型发生翻转。
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