可可
可可豆发酵过程中分泌1种占优势的内肽酶(天冬氨酸内肽酶，最适pH3.5)和1种羧肽酶(最适pH5.8)。可可羧肽酶不能水解羧基末端的Arg、Lys 和Pro残基，较适作用于疏水性氨基酸，对酸性氨基酸水解速度很慢。这2种酶作用生成的疏水性游离氨基酸和亲水性肽，产生可可特有的香味前体物。
牛肉
在肉类生产中，电刺激引起肌肉中外肽酶的活性发生变化，生成的游离氨基酸种类和含量会影响肉的品质。在牛肉的熟化过程中，对胴体采用低电压刺激，能够活化肌肉中的二肽基肽酶的活性，抑制亮氨酸氨肽酶、蛋氨酸氨肽酶和焦谷酰胺氨肽酶的活性，但是对丙氨酸氨肽酶和精氨酸氨肽酶的活性没有影响。
盐腌肉
干腌火腿中氨肽酶活性为原来新鲜的火腿的25%～75%，Glu、Leu、Arg、Ala、Tyr 和Lys的含量明显增加。干腌过程中游离氨基酸的增加是氨肽酶的作用所致。新鲜猪肉中蛋白酶的组成对干腌火腿产品的品质有很大影响。越苦的样品中蛋白质分解程度、组织蛋白酶B和二肽酰氨肽酶的活性越强。相反，不太苦的新鲜火腿和腌制成熟的肌肉中氨肽酶活性更高。有苦味的火腿中Met 和Asp含量较高。在腌制加工整个过程中，LAP活性一直都很高。猪骨骼肌中分离纯化出的丙氨酸氨肽酶对4-位和5-位上的Ala 有较高的特异性，但缺乏对2-位上的Ala 的特异性。所以，在肉类加工中就会产生二肽和游离氨基酸，并对肉的最终风味产生影响。促进风味形成的新方法是加入从传统腌制盐卤中分离出来的微生物，这些菌产生的脂肪分解酶和蛋白质水解酶与风味的形成有关。
啤酒
麦芽至少含有8种不同的外肽酶，其中有3种羧肽酶，最适pH4.8～5.7；5种氨肽酶，最适pH5.8～8.6。在45℃时肽酶活性稳定。糖化时，温度从45℃上升到70℃，这些外肽酶迅速被灭活。55℃保温30min，5种氨肽酶以不同的速度灭活，而羧肽酶活性仍然有70%～100%，其中1种羧肽酶在70℃保温60min还有40%的残留酶活。因此，麦芽糖化中，羧肽酶比氨肽酶有更高的热稳定性。这种特性对糖化时游离氨基酸的生成极其重要，因为糖化过程形成的游离氨基酸占到游离氨基酸释放总量的50%～75%。这3种羧肽酶分子质量相似，离子特性和专一性略有差异。麦芽羧肽酶较适作用于含有芳香性氨基酸残基和Pro的肽。羧肽酶可以降低从胚乳细胞壁提取出来的β-葡聚糖的黏度，并通过水解细胞中的肽来提高胚乳的增溶性。最适pH值和热稳定性表明羧肽酶不仅可以作用于大麦醇溶蛋白，也可以作用发芽和糖化过程中形成的肽，促使游离氨基酸的释放。
奶酪
除了微生物细胞，奶酪提取物中也有胞内外肽酶活性。微生物自溶后释放出来的外肽酶对酪蛋白寡肽的降解起着很重要的作用。用卡门柏青霉和白地霉制作软质奶酪时，奶酪的熟化主要受蛋白质水解酶的控制。胶囊处理的重组氨肽酶可以缩短切达奶酪发酵过程，并且能够提高奶酪的感官评价分值。
对蛋白质水解产物脱苦的影响
从动物来源(奶、肉和鱼等)和植物来源(豆类、谷物)的食品蛋白质在食品加工过程中都要发生一定程度的水解。水解作用主要通过两条途径：一是细菌或真菌的内肽酶和外肽酶的发酵，二是对蛋白质水解产物的直接加工。苦味肽的存在是大多数蛋白质水解产物的缺陷。蛋白质经内肽酶作用后，形成的水解产物通常都会有苦味，不同的内肽酶由于切点差异，形成的苦肽也各不相同 。
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