大量虫卵沉积在膀胱及远段输尿管黏膜下及肌肉内，引起嗜酸性粒细胞性肉芽肿，很快膀胱黏膜增厚及发生溃疡，慢性感染时，整个膀胱受侵犯，纤维化及瘢痕形成，由于纤维组织收缩，膀胱容量变小，形成膀胱挛缩，输尿管口可因膀胱纤维化狭窄或扩张而失去活瓣作用，引起梗阻或尿反流，导致输尿管及肾积水，输尿管也可因虫卵沉积形成肉芽肿使输尿管狭窄，输尿管及膀胱周围可形成纤维脂肪瘤病(fibrolipoma)，压迫输尿管加重输尿管梗阻，如继发细菌性感染可导致肾盂肾炎甚至脓肾，影响肾功能，约10%的患者由于梗阻及感染而发生肾，输尿管或膀胱结石，泌尿生殖道之间或尿路小肠之间可发生瘘管。

　　埃及血吸虫病也可累及前列腺，精囊，子宫颈，阴道，阴唇，卵巢或输卵管，虫卵也可沉积在盲肠，结肠，直肠，肝，肺，脑及脊髓等处引起病变，曾有报道由于血吸虫卵致淋巴管梗阻，导致外生殖器发生象皮肿，虫卵随血循环到达肺部，可引起肺部粟粒样肉芽肿，大量虫卵反复栓塞肺小动脉致慢性肺动脉高压及肺源性心脏病，虽然在流行区病人青春期以后虫卵排出减少，如果不治疗，病变仍可继续发展，膀胱因受累日久而癌变较常见。