甲型肝炎病毒主要经粪-口传染，也可通过血液和分泌物传染。在潜伏期粪便中有病毒排出，而且常在临床症状出现后几日，大便中即停止排出病毒。因此当临床确诊时，传染期已过。这种病毒通常通过水和食物传播而流行，特别是在不发达国家更常见。食用污染水中的贝壳类动物也可导致该病流行。散在发生的病例常常是由于人与人的接触性传染所致。大多数受染者无明显的临床症状。人群抗HA调查表明，该病毒感染很广泛，而且随着年龄，经济状况，地理条件及其他因素而异。在某些国家，75%以上的成年人几乎都感染过甲肝病毒。
乙型肝炎病毒通常是经过肠道外途径传播，其典型的传播途径是输入污染的血及血制品。对献血者作HBsAg的常规检查已使输血后HBV感染大大降低，吸毒者共用针头的传播仍是一个重要问题。肾透析和肿瘤治疗单位的患者感染此病毒的风险增加，而且医务工作者接触血液时也易受感染。另外，这种病毒也可在异性恋和同性恋者以及被囚禁者（如精神病患者和罪犯）中扩散，但传染性远低于甲型肝炎病毒，而且感染的方式也不清楚。昆虫叮咬在传播中的作用仍不清楚。许多散在发生的急性乙型肝炎病例没有明确的传染源。抗乙肝病毒表面抗原的调查表明，尽管乙肝病毒不像甲肝病毒那样广泛传播，但未发现的乙肝病毒的感染也很常见。
慢性乙肝病毒携带者是世界范围的乙肝病毒传播源，其流行性医学教。育网收集，整理随地理环境和其他因素不同而有很大的差异，北美和北欧10%.母婴垂直传播也是扩散的部分原因，这种情况尤见于高发区。
HBV与很多肝脏疾病有关，从亚临床型的携带者到急性肝炎，慢性肝炎，肝硬化，甚至肝细胞肝癌。它还和许多原发的非肝脏疾病，如多结节性动脉炎，其他胶原血管疾病，膜性肾小球肾炎，混合性冷球蛋白血症，幼年型丘疹样肢皮病有关，但病毒所起的作用还不清楚，但在部分患者体内发现含有病毒抗原的免疫复合物在组织中沉积。
输血后肝炎中至少有80%是由HCV引起的，在散发性急性肝炎中占很大比例。许多慢性肝炎，原因不明的肝硬化，与HBV无关的肝细胞肝癌皆由HCV引起。HCV常常通过输血或吸毒而发生血行感染，也可以经过性传播或母婴垂直传播，但较HBV要少见。一部分看似健康的人是HCV的慢性携带者，他们有亚临床型的慢性肝炎，甚至肝硬化。HCV的流行随地理位置和其他流行病学因素如吸毒等而异。
HCV与混合性冷球蛋白血症，皮肤卟啉症（大约60%~80%的卟啉症患者有HCV感染，但仅有少数HCV病人发生卟啉症），肾小球肾炎及其他免疫性疾病的发生有关，其机制不明。另外，25%的酒精性肝病患者也有HCV感染，这种相关性的原因不明，因为酒精和药物的滥用仅与一部分病人有关。HCV可能与酒精协同作用，加重酒精导致的肝损害，反之亦然。
HEV偶尔与非发达国家急性肝炎的流行有关，这种流行性与HAV相似，自发性发生的病例也有，可能通过肠道传播。一些散在的急性和慢性肝炎的原因仍无法解释，无疑是由HGV或其他未知的非-甲-戊型肝炎引起。
甲型肝炎病毒感染约2~6周的潜伏期，乙肝病毒感染约6~25周，丙肝病毒约3~16周。尽管甲型肝炎在儿童和年轻人常见，但各型肝炎在所有年龄组均可感染发病。
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