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类病毒会引起植物基因序列的甲基化，引起转录的失败。并且更多的证据表明其能诱导RNA沉默。
有证据表明，当类病毒环状RNA在复制形成双链中间体的时候，会被类似于核糖核酸酶Ⅲ的Dicer 酶切割成大小约为21～23bp的双链小干扰RNA（small- interfring RNA，siRNA），并与其他因子结合形成RNA诱导沉默复合体（RNA induced silencing complex，RISC），激活的RISC通过碱基配对定位到同源mRNA上，阻断特定基因的表达。
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