穹窿体与核糖体一样，是大型核糖核蛋白分子（核糖核酸-蛋白质复合物），但穹窿体的相对分子质量约为13MDa，约为核糖体的3倍。
通过不同方式测得的穹窿体的大小有一定差异：
利用负染色法测得的大小约为34nm×60nm；
利用低温电子显微镜测得的大小约为26nm×49nm；
利用扫描隧道电子显微镜测得的大小约为35nm×59nm。
由于穹窿体的主要成分为蛋白质，所以利用传统技术对其进行染色有一定困难。
穹窿体的蛋白质呈对称的桶状，两侧有等量的穹窿体主蛋白（Major Vault Protein，MVP）结合在一个穹窿体少数蛋白（minor vault protein）上。两个总共包含96个穹窿体主蛋白及16个长度约为86–141bp穹窿体RNA（vault RNA，vRNA）的部分结合后，最终形成完整的穹窿体。
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