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马铃薯纺锤形块茎类病毒属成员基因组为一条环状单链RNA，长356～360nt，具有5个功能区，形成稳定的杆状或拟杆状二级结构。
中央保守区（CCR）与啤酒花矮化类病毒属和椰子死亡类病毒属相似，还有一个末端保守区（TCR），负链不能通过锤头状结构进行自我切割。该属类病毒通过不对称滚环模式进行复制，基因组不编码蛋白质。
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