1.判断肾小球功能有无损害及其程度。在成人内生肌酐清除率低于每分钟80ml以下时则表明肾小球滤过功能减退；若减至每分钟70～51ml为轻度损害；降至每分钟50～31ml为中度损害；减至每分钟30ml以下，为重度损害；减至每分钟20～10ml为早期肾功能不全，对慢性肾炎患者提示预后不良；减至每分钟10～5ml为晚期肾功能不全；小于每分钟5ml，为终末期肾功能不全。
2.指导临床用药和治疗。
3.肾移植患者内生肌酐清除率逐步回升表明移植成功，反之提示有排异反应。
4.健康人随着年龄增长，肾实质体积缩小，内生肌酐清除率可有所降低。老年人减低可达60毫升/（分钟·1.73平方米）。
5.其他：甲状腺功能减退症、肾性高血压、剧烈运动及使用某些药物如维生素C、甾族化合物、左旋多巴等情况下出现内生肌酐清除率增高。
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