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与糖胺聚糖共价结合的多肽链称核心蛋白（core protein），它的种类很多，Mr从约2万~25万，其中不少于已测得其氨基酸序列。
核心蛋白具有以下几个特点：
（1）多数核心蛋白含有几个不同的结构域；
（2）所有的核心蛋白都含有相应的糖胺聚糖结合结构域；
（3）某些蛋白聚糖可通过核心蛋白中的特定结构域，锚定在细胞表面或细胞外基质的大分子上；
（4）有些核心蛋白尚含有具特异相互作用的结构域。
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