肛周脓肿是肛瘘的主要原因，约70%～80%的肛瘘继发于肛腺一般化脓性感染所引起的肛周脓肿，脓肿破溃后不愈而形成瘘道，因此可认为肛瘘是肛周脓肿的慢性期。但并非所有的肛周脓肿引流后都形成肛瘘，只有在炎症较重、深部脓肿或脓肿引流不畅、患者有糖尿病及肥胖者，才容易形成肛瘘。
少数肛瘘是由全身疾病或特异性感染所致，如结核病，克罗恩病、溃疡性结肠炎、化脓性汗腺炎、HIV/AIDS、放线菌病、白血病及腹腔或盆腔肿瘤等。在克罗恩病中肛瘘的发生率是10%～20%，如果克罗恩病累及大肠，肛瘘的发生率可高达40%～50%。肛管直肠的外伤性感染，也可形成肛瘘。
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