输卵管囊肿的形成是由于输卵管受病原体感染以后，由于体内白细胞的浸润形成内膜肿胀、间质水肿、渗出，导致输卵管粘膜上皮脱落，如果输卵管急性期炎症没有到医院及时的治疗就容易形成输卵管积脓。输卵管的积脓伴随着炎症消退之后，脓液也逐渐被吸收，腔内积液由脓性变为浆液性，这就成为输卵管囊肿。
单单的输卵管积脓在炎症消退之后会为输卵管囊肿或疤痕性输卵管炎，前者是慢性输卵管炎的并发症，表现为伞端闭塞和输卵管囊状扩张。管壁变很薄呈半透明，囊肿内部是清澈透明的浆液。因为输卵管扩张的部位和未扩张的部位的管腔是可以相通，所以病人常有阴道排液。
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