激光治疗的禁忌证同常规支气管镜检查的禁忌证相似，但由于经常在全麻下进行操作，禁忌证也与全麻的禁忌证一致。但从内窥镜激光技术方面，禁忌证主要为：
1）气管-支气管腔外压性狭窄主要由纵隔肿瘤、淋巴结病、肺叶萎缩等引起的，消融治疗会造成气管-支气管壁穿孔，是消融治疗的绝对禁忌证。
2）气道长距离漏斗状狭窄伴黏膜下浸润时，消融治疗的效果较差。
3）气道完全闭塞时，消融治疗也很棘手，术前必须评价阻塞的路径和阻塞远端的情况，否则易致管壁穿孔。非完全性气道闭塞的病例，消融治疗前必须评价阻塞远端肺组织的功能，如果远端肺组织丧失气体交换能力，消融治疗已没有必要。
4）肿瘤侵蚀气管后壁并影响食管时，消融治疗出现穿孔和形成窦道的机率很高。长期接受广泛性放疗的肺癌患者，由于放疗期间易致气管壁扭曲、软化，此时消融治疗也易致穿孔。
5）消融治疗肺上叶病变要特别小心，由于该位置接近大血管，不慎易致大出血。
6）小细胞肺癌和淋巴瘤呈弥漫性病变，也常累及大气道，化疗可取得良效，选择消融治疗应掌握好时机。
7）患者的出凝血功能异常、电解质紊乱、低血压状态、严重感染等均应认为禁忌证。
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