人类感染柯萨奇病毒易引起疱疹性咽峡炎和非麻痹性类脊髓灰质炎等改变。临床表现复杂多样，有无菌性脑膜炎、脑炎、心肌炎、心包炎、流行性胸肌痛、疱疹性咽峡炎等，有的病情类似脊髓灰质炎。
感染后人会出现发热、打喷嚏、咳嗽等感冒症状。妊娠期感染可引起非麻痹性脊髓灰质炎性病变，并致胎儿宫内感染和致畸。柯萨奇病毒可以引起脑膜炎和轻度麻痹、胸膜痛、肋间痛、 Herpangina、呼吸性疾病、结膜炎以及手足口综合征。手足口病患者中许多与柯萨奇A组病毒16感染有关，是手足口病暴发传染的重要病因。其它柯萨奇组病毒如CoxA4、CoxA5、CoxA9和CoxA10及CoxB5也可以引起手足口病。
（1）柯萨奇病毒A型感染
柯萨奇病毒A型感染儿童多见，成人感染占21.7%。潜伏期1~3天，出现上呼吸道感染，起病急，流涕、咳嗽、咽痛、发热，全身不适。典型症状为疱疹性咽峡炎，即在鼻咽部、会厌、舌和软腭部出现小疱疹，粘膜红肿，淋巴滤泡增生、渗出，扁桃体肿大，伴吞咽困难，食欲下降。据调查伴有口咽部疱疹和皮疹的急性热病中，79%为柯萨克A型病毒所致。
临床表现除上述外，主要特点为急性发热、皮疹，脑膜脑炎伴有 Guillain-Barré综合征和急性病毒性心肌病。皮疹可为疱疹和斑丘疹，主要分布于躯干外周侧、背部、四肢背面，呈离心性分布，尤以面部、手指、足趾、背部皮疹多见，故称手、足、口三联症。
（2）柯萨奇病毒B型感染
引起特征性传染性胸肋痛病。可合并脑膜脑炎、心肌炎、发热、Guillain-Ba-rré综合征、肝炎、溶血性贫血和肺炎。
脑炎及脊髓炎
发热，头痛，呕吐，肌痛，1-2天出现脑膜刺激征。脑脊液细胞数（0.1-0.2）×109/L，少数>×109/L；病初中性粒细胞占优势，其后淋巴细胞比例增高，糖及氯化物正常，蛋白略高。部分病人有暂时性肌力减退。发生瘫痪者甚少，恢复较快。少数病人有意识障碍，与乙脑相似。
心肌炎、心包炎
心肌炎常发生在新生儿，多于生后一周内发病，起病急，发热、上呼吸道感染症状、纳差、稀便，继而出现呼吸困难、唇紫绀、面苍白、心动过速等，重者很快出现心衰。近年来发现成人及年长儿童也不少见。常先有呼吸道症状，心包可同时受累，亦可累及心内膜，继之心前区痛，出现心包摩擦音，半数有肌肉、关节痛。X线显心包积液，常伴左侧胸腔积液，心电图示心律失常、传导阻滞及心包炎。
流行性肌痛或胸痛
阵发性剧烈肌痛，可累及全身肌肉。成人及年长儿童多有胸痛，常在季肋部，可牵涉肩背；婴幼儿腹痛较常见，多在上腹，亦偶有误诊为阑尾炎者。此外，尚有发热、咽痛、头痛、厌食、吐泻等。
疱疹性咽峡炎
发热，咽痛，咽部出现灰白色疱疹，破溃形成表浅溃疡，少数可见于外阴，亦可有头痛、恶心、呕吐、腹痛等。另一种为儿童急性淋巴小结性咽炎，咽部出现灰白或淡黄色小结，不形成疱疹及溃疡。
呼吸道感染
以上呼吸道感染最常见，也可引起喉炎、气管炎、支气管炎及毛细支气管炎和肺炎。
婴儿腹泻
黄绿色稀水便，一日数次，无脓及粘液。
出疹性热病
发热，出疹，有斑疹、斑丘疹、荨麻疹、疱疹、淤点等。不痒，不脱屑。少数病例于手、足皮肤及口腔粘膜出现疱疹。亦称手足口病。
新生儿全身感染
急骤起病，拒食，呕吐，惊厥，呼吸困难，紫绀，心律失常，心及肝脏可急剧肿大。死亡率极高。尸检可见脑炎、心肌炎、肝炎、胰腺炎及肾上腺病变等。
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