虽然抗结核药治疗在目前可以使大部分肾结核病人得以控制治愈，但是仍有一部分病人药物治疗不能奏效，而仍需进行手术治疗。手术包括全肾切除、部分肾切除、肾病灶清除等几种方式，需视病变的范围、破坏程度和药物治疗的效应而选定。
1.全肾切除术
（1）全肾切除术适应证 ①单侧肾结核病灶破坏范围较大，在50%以上。②全肾结核性破坏，肾功能已丧失。③结核性脓肾。④双侧肾结核，一侧破坏严重，而另一侧为极轻度结核，需将严重侧切除，轻度病变侧采用药物治疗。⑤自截钙化灰泥肾。
（2）肾切除术前术后的抗结核药应用 由于肾结核是全身结核病的一部分，是继发性的结核，更是泌尿系结核中的一部分，当肾切除术期间，可因手术的损伤使机体的抵抗力降低，致使肾结核以外的结核病灶活动或播散，因此在肾切除术前术后必须应用抗结核药予以控制。
2.部分肾切除术
（1）部分肾切除术适应证 ①为局限在肾一极的1～2个肾小盏的破坏性病变，经长期的抗结核药物治疗而未能奏效。②1～2个肾小盏结核漏斗部有狭窄引流不畅者。③双侧肾结核破坏均轻而长期药物治疗无效。如果惟一的有功能肾脏需作部分肾切除手术时，则至少应保留2/3的肾组织，以免术后引起肾功能不全。
（2）部分肾切除术前术后的抗结核药应用 由于抗结核药治疗往往收到良好效果，因此部分肾切除术较少进行，对于适合此项手术的病人应在较长时间的抗结核药准备后才能施行。一般术前准备用药需3～6个月。术前尚需再次造影检查，确立病变情况后再决定手术。手术后因余留有部分肾脏和泌尿系器官的结核，故仍需继续使用抗结核药至少1年，以巩固疗效。
3.肾病灶清除术
（1）肾病灶清除术的适应证 为肾脏的实质中存在密闭的肾盏所形成的结核性空洞，常充满干酪样物质。抗结核药不能进入空洞，而空洞中仍有活动结核杆菌存在。因此须切开空洞，清除干酪样结核组织，腔内再用抗结核药。目前随着影像学技术的进步，常可不需要进行手术治疗，可在B超引导下行脓肿穿刺术吸出脓液，腔内再用抗结核药。
（2）辅助抗结核治疗 手术前后亦需较长时期的抗结核药应用，以防结核播散和术后巩固治疗。
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