病因及发病机制至今尚不明了。可能的病因学包括感染、免疫功能紊乱和肿瘤等学说。有人认为是反应性疾病,而非真性肿瘤;也有人认为本病是免疫系统异常所致,但通过PCNA免疫组化染色可见较多的阳性细胞,且病变中常见核分裂象故认为是增生性疾病,可能为肿瘤性增生。一般认为,LCH无遗传倾向。目前多认为本病是一种免疫性疾病。关于LCH病变的性质仍是争论的热点问题,尽管有少数病例最终发展为恶性肿瘤,但多数研究认为它是一种免疫性疾病。目前尚无研究证实细菌、真菌感染与LCH的相关性。病毒曾经被疑为LCH的病因,有人提出LCH可能是感染人类疱疹病毒-6(HHV-6)和人类巨细胞病毒(HCMV)所致,但至今尚缺乏有力证据。HHV-8感染在LCH发病中所占的位置也尚未被确定。总之LCH的超微结构研究未发现病毒颗粒或病毒特异细胞产物。
Basset 等首次在本症患者的病变组织中发现 Birbeck 颗粒,并经多种免疫组织化学方法检查,进一步证实了此种细胞的特异性非常接近正常的 LC,由此确立了本症是由于 LC 异常增生的结果。