慢性肾小球肾炎需要和下列疾病进行鉴别：
1.继发性肾小球肾炎
如狼疮肾炎、过敏性紫癜肾炎等，依据相应的系统表现及特异性实验室检查，可以鉴别。
2.遗传性肾炎（Alport综合征）
常起病于青少年，患者有眼（球形晶状体）、耳（神经性耳聋）、肾异常，并有阳性家族史（多为性连锁显性遗传）。
3.其他原发性肾小球病
（1）隐匿型肾小球肾炎主要表现为无症状性血尿和（或）蛋白尿，无水肿、高血压和肾功能减退。
（2）感染后急性肾炎有前驱感染并以急性发作起病，慢性肾炎需与此病相鉴别。二者的潜伏期不同，血清C3的动态变化有助鉴别；疾病的转归不同，慢性肾炎无自愈倾向，呈慢性进展。
4.原发性高血压肾损害
先有较长期高血压，其后再出现肾损害，临床上远端肾小管功能损伤较肾小球功能损伤早，尿改变轻微，仅少量蛋白，常有高血压的其他靶器官并发症。
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