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把琼脂糖，即几乎不含硫酸根的主要成分为多糖的琼脂，溶于热水，倒入玻璃杯中，冷却制成的凝胶。融化后在37°C下可维持液态数小时，30°C时凝固成胶。即完成琼脂糖凝胶的配置。
制成的小颗粒用于凝胶过滤，适于用sephadex不能分级分离的大分子的凝胶过滤，若使用5%以下浓度的凝胶，也能够分级分离细胞颗粒、病毒等。利用其吸附性小的特点，有时用它代替琼脂、以作为免疫电泳或凝胶内沉降反应的支持物。
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