胃食管反流常见的并发症有食管狭窄、食管溃疡、食管缩短及Barrett's食管等。对于轻微的食管狭窄，可以通过饮食限制及药物（PPI）治疗改善。短期单纯性狭窄可以用Teflon扩张器治疗（如Hurst—malonney），必要时可行支架置入治疗。部分患者亦可行外科抗反流手术。
对于食管溃疡，通常需要大剂量PPI和黏膜保护剂的治疗。Barrett's食管是胃食管反流严重的并发症。因其有恶变的可能，应进行内镜随访及活检以早期发现异型增生及腺癌。当患者有低度异型增生时，可采用大剂量的PPI治疗。中重度异型增生或出现结节状增生时可行内镜下激光、电凝、离子凝固术甚至局部食管切除。
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