通常认为，新生隐球菌是本病惟一病原菌。该菌广泛分布于自然界中，从人的皮肤、土壤、灰尘、鸽粪中都能找到。在大城市中，掉落在窗台的鸽粪常成为传染源。隐球菌属包括17个种和18个变种，其中仅新生隐球菌及其变种具有致病性。新生隐球菌是圆形的酵母型菌，周围有宽阔的荚膜，称厚荚膜。菌体内有一个或多个反光颗粒，为核结构。部分菌体可见出芽，但不形成假菌丝。非致病性隐球菌无荚膜。新生隐球菌在沙保培养基和血琼脂培养基上，于25℃和37℃均能生长，非致病性隐球菌则在37℃不能生长。培养数日形成酵母型菌落，表面黏稠，初为乳白色，后转变成橘黄色。此菌能分解尿素可与假丝酵母菌区别。人与动物均可感染。近年发现，其他隐球菌亦可致病，如罗伦特隐球菌、加特隐球菌等。
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