一级结构
MKK都是通过双位点，即苏氨酸（T）和酪氨酸（Y）同时磷酸化激活MAPK。这两个磷酸化位点中间被一氨基酸隔开，构成三肽基TXY。不同的MAPK亚族成员，其双磷酸化位点之间的X残基不同，但是其各个亚族都具有标准的12个保守亚区，这些亚区是区分真核细胞蛋白激酶超家族的标志之一。MAPK家族成员之间具有较高的同源性。例如，p38β、p38γ和p38δ分别与p38α具有75%、62%和64%的同源性，而与其他MAPK家族成员的同源性约为40%~50%。三肽基位于蛋白激酶地VII和VIII亚区之间的Loop12环状结构内，该环位于分子表面并临近活性位点，其中部分残基形成一种唇状结构，被称为磷酸化唇或活化唇（activation lip）。这一区域被认为是决定包括MAPK在内的多种蛋白激酶活性的关键结构。
二级和超二级结构
与其他蛋白激酶相似，ERK2、p38和JNK1都具有一个较小的氨基酸结构域和一个较大的羧基端结构域，两者之间由一个交叉区连接在一起。氨基酸结构域主要由β折叠组成，而羧基端结构域则主要为α螺旋，两个结构与交界处形成一个裂隙，为ATP结合位点。
空间结构
大体结构：
p38与ERK2具有约40%序列同源性。将p38和ERK2的两个结构域同时重叠在一起时，其根均平方（root mean square ，RMS）偏离为0.17nm。JNK与ERK2和p38的同源性分别为40%和51%，其总体结构也与ERK2和p38非常相似。将ERK2和p38的羧基端结构域与JNK的羧基端结构域重叠式，两者较JNK3的羧基端结构域分别旋转了2.5°和4°。将ERK2的氨基酸和羧基端结构域与JNK3的对应结构域重叠时，其RMS偏离分别为0.115nm和0.158nm。
底物结合口袋的结构特征：
在所有MAPK中，形成底物结合口袋的氨基酸残基都是相当保守的。在未受到刺激时，ERK2的底物结合口袋被Arg192占据；当ERK2被磷酸化后，Arg192转离原来的位置，从而暴露出底物结合口袋来进行底物的结合。p38中，该位点活化机制尚不清楚。
首页
