二者在原理、应用和载体方面有所不同，具体如下：
1、原理不同：
普通聚苯乙烯乳胶和抗体的结合是无选择性的物理静电吸附，抗体很难结合到乳胶表面，即使致敏上的抗体也容易从乳胶微球上脱落或者变性失活，而使用多肽缩合剂或交联剂则操作过程繁琐、耗时。
胶体金法是由氯金酸(HAuCl4)在还原剂如白磷、抗坏血酸、枸橼酸钠、鞣酸等作用下，可聚合成一定大小的金颗粒，并由于静电作用成为一种稳定的胶体状态，形成带负电的疏水胶溶液，由于静电作用而成为稳定的胶体状态，故称胶体金。
2、应用不同：
胶体金也是免疫电镜技术中较为理想的免疫标记物。胶体金技术具有方便快捷、特异敏感、稳定性强、不需要特殊设备和试剂、结果判断直观等优点, 因而特别适合于广大基层检验人员以及大批量检测和大面积普查等, 具有巨大的发展潜力和广阔的应用前景。
乳胶凝集法具有独特优点: 不需要特殊仪器、肉眼判断、操作简便、不需要专门培训；检测时间短，一般为 2 min；价格低廉，检测单份血清样品的成本比其它血清学和病原学方法低得多；适于现场检测等，在临床检验中被广泛应用。
3、载体不同：
乳胶凝集法是以乳胶颗粒作为载体的一种间接凝集试验。即吸附可溶性抗原于其表面，特异性抗体与之结合后，可产生凝集反应。
胶体金在弱碱环境下带负电荷，可与蛋白质分子的正电荷基团形成牢固的结合，由于这种结合是静电结合，所以不影响蛋白质的生物特性。
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