丙型肝炎的预防方法基本与乙型肝炎的相同。我国预防丙型肝炎的重点应放在对献血员的管理，加强消毒隔离制度，防止医源性传播。国外报告，对献血员进行抗HCV筛查，可排除85%具有HCV传染性的献血员，从而明显降低输血后丙型肝炎的发病率。由于献血员抗HCV阳性率与ALT水平和抗-HBc是否阳性有关，ALT（丙氨酸转移酶）异常和抗HBc阳性者抗HCV阳性率明显高于ALT正常和抗HBc阴性者（44%：0.5% ），因此，在尚无条件进行抗HCV筛查的地区，可对献血员作ALT和抗HBc筛查。据报道，排除ALT异常的献血员后，输血后丙型肝炎发病率可下降 47.4%；排除抗HBc阳性的献血员后，输血后丙型肝炎发病率下降33%；如上述两项指标异常的献血员均被排除，则输血后丙型肝炎发病率可下降 61.2%。
最近，美国疾病控制中心报告，经皮肤感染丙型肝炎病人血液者，于暴露后立即注射免疫蛋白（0.06ml/kg）可能有预防作用。
本病的最终控制将取决于疫苗预防。HCV分子克隆的成功，为本病的疫苗预防提供了可能性，未来的丙型肝炎疫苗应包括各种不同重组的HCV毒株，或根据各地流行的HCV毒株来构建丙型肝炎疫苗。
无论是急性丙型肝炎，还是慢性丙型肝炎，标准治疗方案都是聚乙二醇干扰素（alfa-2a 或alfa-2b）联合利巴韦林。这也是唯一有效治疗丙型肝炎的方案。聚乙二醇干扰素alfa由于一周一次给药，给药次数大大减少，方便了病人用药，相对于普通干扰素的一周三次或隔日一次，聚乙二醇干扰素又称为长效干扰素。两种长效干扰素联合利巴韦林的直接比较临床试验表明：12kDa的聚乙二醇干扰素alfa-2b的复发率明显低于40kDa聚乙二醇干扰素alfa-2a，原因可能与抗病毒活性及分子大小引起的药物分布有关。一般认为，聚乙二醇的分子量越大，抗病毒活性越低，12kDa的聚乙二醇干扰素alfa-2b的活性明显高于40kDa的长效干扰素；而且，12kDa的长效干扰素可以全身分布，不仅清除肝内的主要病毒，更可以清除淋巴结、肾脏、脾脏、肾上腺、唾液腺等肝外病毒，故停药后的复发率较低。40kDa大分子聚乙二醇干扰素由于分子过大，限于血管和肝内分布，对肝外的病毒清除不利。不仅加重肝脏负担，排泄慢，而且由于不经过肾脏排泄，当发生不良反应时撤药困难。一般认为，由于头对头比较的IDEAL试验结果的公布，12kDa聚乙二醇干扰素alfa-2b应做为治疗丙型肝炎的优先用药。
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