钩体病的潜伏期为1～2周，最长可达4周，早期可出现发热，肌痛(尤其是腓肠肌疼痛和压痛)，全身乏力，眼结膜充血及淋巴结肿大，具有特征性的三症状，三体征的感染中毒表现，患者常于病程3～10天出现器官损害症状，按不同的临床表现可分为流感伤寒型，肺出血型，黄疸出血型，肾功能衰竭型及脑膜脑炎型等，其中肺出血型又可分为普通肺出血型和肺弥漫性出血型，后者病情凶险，病死率高。
钩体病相关肾病可伴随流感伤寒型，黄疸出血型钩体病发生，若单独出现，即为肾功能衰竭型，临床表现主要以少尿，蛋白尿，尿中有少量白细胞，红细胞，管型等，少数严重患者病情呈进行性加重，出现无尿，酸中毒，肾功能衰竭，尿毒症，钩体病相关肾病一般预后较好，多数病人通过少尿期，多尿期而恢复。
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