本病宿主动物和传染源是啮齿类。目前已证实鹿鼠是辛诺柏病毒的宿主动物，白足鼠主要携带纽约病毒和纽约1 型病毒。稻田大鼠携带长沼病毒，棉鼠携带黑港渠病毒。
传播途径：主要通过鼠类带病毒的排泄物如尿、粪和分泌物如唾液等，以气溶胶的方式传播。此外，接触携带病毒的动物亦可感染。阿根廷报告存在人与人之间的传播。Hutchison 等从佛罗里达州南部捕获的棉鼠(cotton rat)从脾脏中分离出引起HPS 的黑港渠病毒(BCCV)。他们应用健康的雄棉鼠在实验条件下感染BCCV 获得成功，他们发现这些感染BCCV 的棉鼠其涎腺、尿和粪中持久排出病毒，进一步的实验发现接种BCCV 的棉鼠能够传播感染没有接种BCCV 的关在另一笼子中的棉鼠。以上实验说明BCCV 感染动物其携带病毒的情况和传播途径类似于汉坦病毒引起的另一类疾病——肾综合征出血热。
与肾综合征出血热不同的是，HPS 未发现母婴垂直传播。新近Howard 等报告5 例妊娠期妇女感染辛诺柏病毒(SNV)引起HPS。此5 例妇女年龄20～34 岁，妊娠13～29 周时发病，其中1 例死亡，有2 例流产。对流产的2 例胎儿和3 个胎盘作免疫组化检查，均没有发现汉坦病毒抗原。他们对另外3 例存活的婴儿作血清学检查，没有发现存在抗体。因而认为没有证据表明SNV 能引起垂直传播。自从1993 年确认汉坦病毒肺综合征在美国西南的四角地区流行以来，目前已证实本病在美洲和欧洲许多国家流行。在美国作为回顾性诊断，发现1959 年1 例符合汉坦病毒肺综合征的临床表现，经治疗而痊愈的患者，1994 年随访时检出抗SNV IgG 抗体。Zaki 等对1993 年以前死于非心源性肺水肿的82 例患者的尸检组织进行免疫组化检查，发现21 例均存在汉坦病毒抗原，证明是汉坦病毒肺综合征，最早1 例是1978 年发病，汉坦病毒抗原广泛沉着内皮细胞内与新近发生的HPS 相同。说明HPS 在20 世纪50 年代已经存在，但当时未形成流行，是人们并不认识本病而已。因而流行地区除美洲和欧洲外，很可能其他洲亦存在，尤其是我国作为流行性出血热的高发区，存在的可能性更大，医务工作者须注意观察和发现。
人群对汉坦病毒肺综合征普遍易感。根据1995 年美国122 例汉坦病毒肺综合征病例报告，发病年龄11～69 岁，平均35 岁，男女比为55∶45。大部分患者居住在农村，此外动物学家和现场生物工作者亦易感本病。关于发病季节美国报告为春夏季，4～7 月为主，秋季亦有病例报告。
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