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受鹦鹉热衣原体感染的鸟类通常累及肠道，病原体经粪便排出体外。鹦鹉热衣原体对外界的抵抗力很强，在干燥的鸟粪中可存活数月。鸟-人的感染方式是气溶胶呼吸道吸入。有报道鹦鹉热衣原体存在人-人传播途径，但罕见。鹦鹉热衣原体经呼吸道吸入体内后首先进入肝和脾的网状内皮细胞增殖，再经血液进入肺和其他器官，所以人类的鹦鹉热既可以是呼吸道感染，也可能是以呼吸系统为主的全身性感染。
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