HBO治疗的禁忌证都是相对的，只要医务人员注意学习和总结，不断的提高自己，就可以消除不利因素，及时为病人行HBO治疗。
1、未经处理的气胸和活动性出血，无医务人员陪同不能进舱治疗。如病情需要，可在医务人员陪同下，边处理边治疗。
2、血压过高：一般认为血压超过21.33/14.67kPa不能接受治疗。临床上通常较灵活的处理这类病人，如病人前一天血压26/14.67kPa，经处理血压降为22/14.67kPa，虽然血压仍然较高，也可以酌情给予治疗。若病人平时血压偏低，虽然血压不高，比如18/12kPa，但病人有头痛、恶心、心跳加快等，无工作人员陪同也不能进舱治疗。
3、严重肺气肿疑有肺大泡者。如需治疗该种病人应注意在减压时避免屏气，除去容易引起咳嗽等使肺泡压力升高的因素，必要时医务人员陪舱。
4、上呼吸道感染时，有引起中耳气压伤和副鼻窦气压伤的危险。 较重的上呼吸道感染应暂停治疗，较轻的病人可酌情给于治疗。
5、患有流感、肺结核、肝炎等传染病的病人应与其它病人隔离。
6、过去有人认为癫痫病人不宜HBO治疗。发作较轻的病人，不必限制治疗；严重的癫痫发作有些是脑损伤引起的，脑损伤不治疗，癫痫也不会消失，只要有医务人员陪舱，癫痫患者同样可以接受治疗。
7、妊娠：动物实验证明妊娠早期行HBO治疗，可增加先天性畸形的发病率，但没有实验证明人的情况。如有紧急情况，如CO中毒等，则应首先考虑孕妇的治疗。曾有数家报道，怀孕期间行高压氧治疗的孕妇所产的儿女未见异常。更有人在HBO下为患有心脏病、肺病等不同程度缺氧的母亲分娩，所有母亲及胎儿的情况改善，未见并发症和后遗症。也有人对患有呼吸窘迫综合症的新生儿使用了高压氧，发现生产后1-3小时应用HBO者75%康复。有人建议，患有心脏病、败血症、贫血、高血压、胎盘功能不全、肾病或胎儿宫内窘迫的孕妇应在HBO下分娩。
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